ההיסטוריון הצבאי ד”ר אורי מילשטיין מציג גרסה שונה לחלוטין מהנרטיב המקובל בציבור בנוגע לאירועי דיר יאסין במלחמת העצמאות, ומגדיר את הגרסה הרווחת כשקר פוליטי מובהק. לדבריו, בעוד שבזיכרון הקולקטיבי הישראלי נצרב האירוע כפעולה בלעדית של לוחמי האצ”ל והלח”י, המציאות בשטח הייתה שונה; בעת ההתקפה על הכפר נתקלו הכוחות בהתנגדות עזה מצד הלוחמים הערבים וסבלו ממחסור חמור בתחמושת. בעקבות כך פנו אנשי המחתרות למחנה שנלר- בסיס ליווי השיירות של הפלמ”ח, בבקשה לסיוע הדדי של נשק בתמורה לחומר נפץ.

מילשטיין מתאר כיצד אנשי הפלמ”ח לא הסתפקו במתן נשק, אלא יזמו התערבות ישירה: באישורם של מפקד מחוז ירושלים דוד שאלתיאל ומפקד הגדוד יוסף טבנקין, הם הגיעו לזירה עם משוריינים ומרגמות והיו אלה שהכריעו וכבשו בפועל את הכפר ביום שישי, 9 באפריל 1948. מילשטיין מדגיש כי בניגוד לטענות הנפוצות, לא התרחש במקום טבח כלל. עם זאת, הוא מציין באירוניה כי אם היו פגיעות או התעללויות כלשהן במהלך הקרב, הרי שהן התרחשו דווקא תחת פעילות הכיבוש של הפלמ”ח, פרט שהועלם לחלוטין מהנרטיב ההיסטורי הרשמי.

את הסיבה לעיוות ההיסטורי תולה מילשטיין בדינמיקה הפוליטית והמודיעינית של אותה תקופה. באותם ימים פעלה בירושלים שלוחה של יחידת המודיעין “אברהם” של ארגון ה’הגנה’, ששימשה מעין שירות ביטחון פנימי שמטרתו הייתה לרדוף את אנשי האצ”ל והלח”י ולסכל את פעילותם במסגרת מאבקי ה”סזון”. מפקד אותה יחידה בירושלים היה ד”ר מאיר פעיל (לימים היסטוריון צה”ל), אשר יחד עם גורמים נוספים כקצין המודיעין מרדכי גיחון, הוביל ועיצב את הגרסה שהוטמעה לימים בספרי ההיסטוריה, גרסה שלטענת מילשטיין ניקתה את הפלמ”ח ממעורבות והטילה את מלוא האשמה על המחתרות האחרות.