ד"ר אפרים הררה מציב את הסכסוך בין האסלאם ליהדות לא רק במישור פוליטי או גאופוליטי – אלא כשורש תיאולוגי עמוק, מושרש בדת ובמסורת המוסלמית עצמה. לדבריו, הן באסלאם הסוני והן בשיעי, ואף בתוך הזרם הסופי המיסטי, מתקיים יחס יסודי של איבה כלפי היהדות והיהודים.

הוא מצביע על הקוראן כבסיס להתנגדות, שם מתוארים היהודים כאויבי האסלאם הגדולים ביותר – מיד אחרי השטן. בתיאוריו, מוחמד עצמו, מייסד האסלאם, ראה ביהודים קבוצה בוגדנית, מזייפת ומסוכנת, ואף מיוחס לו מוות כתוצאה מהרעלה שמקורה בניסיון יהודי.

הטקסטים הקנוניים, לדברי הררה, כוללים תיאורים קשים – כולל דימויים של היהודים כקופים וחזירים – והם אינם מטאפורות בלבד אלא מסרים עמוקים שהפכו לבסיס בהשקפת עולמם של חכמי הדת לדורותיהם.

הררה מצטט את אל-ע'זאלי, מגדולי ההוגים האסלאמיים, שאמר כי היהודים אוהבים את החיים ולכן שונאים את אללה, בעוד המאמין האמתי שואף למוות – כבסיס אידיאולוגי לסלוגן המפורסם של האחים המוסלמים: "אנו אוהבים מוות כפי שאתם אוהבים חיים".

עבור הררה, להבין את העימות היהודי-מוסלמי פירושו להבין שהוא עמוק יותר מעימות טריטוריאלי – זהו עימות רעיוני, תיאולוגי, ובלתי ניתן לגישור במונחים מערביים רגילים.