בניתוח נוקב של חוקר הפרשות ההיסטוריות אבי זלינגר, עולות טענות קשות בנוגע למה שהוא מכנה “תוכנית השלבים” של בכירי מערכת הביטחון לשעבר. זלינגר טוען כי קבוצה של רמטכ”לים, ביניהם בני גנץ, גבי אשכנזי ובוגי יעלון, מובילה מהלך מדיני מובנה שמטרתו הסופית היא לשנות את פניה של מדינת ישראל ולהחזיר אותה למתווה מדיני שנוי במחלוקת. לפי דבריו, המאבק אינו רק פוליטי אלא עקרוני, כאשר הגנרלים ניצבים חזיתית מול ראש הממשלה נתניהו במערכה שמטרתה להכתיב סדר יום חדש.
זלינגר מצביע על המכון למחקרי ביטחון לאומי (INSS) כגוף שעומד מאחורי הקלעים ומשמש כ”גג” רעיוני למהלכים אלו. לטענתו, מדובר בארגון בעל נטייה פוליטית ברורה המגבש יוזמות מדיניות שאליהן מתיישרים בכירי הצבא בדימוס. הוא מעלה תהיות מטרידות לגבי מקור הסמכות וההשפעה על אותם גנרלים, ושואל האם הם אלו שבאמת מגבשים את התוכניות או שמא הם פועלים בשירותם של גופים אחרים, גלויים פחות. דוגמה בולטת לכך הוא רואה בהצטרפותו של גדי איזנקוט למכון, צעד שלדברי זלינגר מחייב אימוץ של דפוסי חשיבה מסוימים המכתיבים את פעילותם הציבורית והמדינית של המשתתפים בו.
