בחודש האחרון שמה של השופטת גונן עולה לכותרות בהקשרים לא חיוביים. בין היתר נטען כי השופטת מאשרת ביד רכה אישורי שהייה למסתננים מהמלחמה באוקראינה, תוך שהיא מסתמכת על ציטוטים משירים שונים. בנוסף, תלונה שהגישה השופטת נגד שרת הפנים איילת שקד בטענה שניסתה לגרום לה לשנות החלטות בניגוד לחוק, נסגרה באופן מיידי. בעקבות הפרסומים הנ"ל, חשפה שרת הפנים שקד, שהשופטת מיכל אגמון גונן פעלה בניגוד לחוק כאשר נפגשה עם נציגים מהוועדה לבחירת שופטים ללא אישור או תיאום של נשיאת בית המשפט העליון, אסתר חיות.

https://tovnews.co.il/%d7%94%d7%a9%d7%95%d7%a4%d7%98%d7%aa-%d7%9c%d7%90-%d7%aa%d7%95%d7%9b%d7%9c-%d7%9c%d7%94%d7%a9%d7%aa%d7%aa%d7%a3-%d7%91%d7%9b%d7%a0%d7%a1-%d7%a9%d7%9c-%d7%90%d7%a8%d7%92%d7%95%d7%9f-%d7%94%d7%a9%d7%9e/

כמו כן, ועדת האתיקה של השופטים אסרה על השופטת מיכל אגמון גונן, לברך בכנס של האגודה לזכויות האזרח, למרות טענותיה שמדובר בכנס אקדמי. בעקבות הפרסום של האגודה לזכויות האזרח הגיש מנכ"ל "בצלמו", שי גליק, תלונה רשמית לנציב הממונה על השופטים, שיבדוק האם השופטת גונן הפרה את הנחיות הנשיאה חיות. בנוסף, בעקבות התעקשותה של השופטת גונן להשתתף בכנס של האגודה לזכויות האזרח, פנה מנכ"ל "בצלמו" לנשיאה ודרש ממנה לאסור על השופטת גונן לדון בתיקי האגודה לזכויות האזרח: "התעקשותה של השופטת מיכל אגמון גונן להשתתף בכנס מוכיחה את אהדתה לאגודה ולכן, לא אפשרי לטעון שהיא באה לדיון בו האגודה עותרת בלב נקי ונפש חפצה", מסר גליק.

"אף אחד לא מעל החוק", אמר גליק. "לא האזרח בוזגלו ולא השופטת ד"ר מיכל גונן אגמון. ארגון בצלמו חרט על דגלו את המאבק לביעור השחיתות בכל מקום וגם במערכת המשפט ובפרקליטות כדי שהצדק והאמת ייצאו לאור במלואן. ארגון בצלמו ימשיך לפעול לבירור האמת והפסקת פעילות לא חוקית שנעשית על ידי שופטים במדינת ישראל לעיתים תוך ניגודי עניינים חריפים". כך מסר בתגובה מנכ"ל "בצלמו", שי גליק.