בישראל מאשרים כי התקיפה החריגה שבוצעה בחאן יונס כוונה לעבר מנהיג חמאס ברצועת עזה, מוחמד סינוואר. נכון לעכשיו, טרם ברור האם סינוואר אכן חוסל, ובמערכת הביטחון מדגישים כי תהליך הזיהוי עשוי להימשך זמן. מוחמד סינוואר הוא אחיו של יחיא סינוואר, ומאז שחוסל על ידי צה"ל הוא ממלא את מקומו בהנהגת חמאס.
לפי צה"ל ושב"כ, התקיפה כוונה לעבר מתחם פיקוד ושליטה תת-קרקעי שהוקם מתחת לבית החולים האירופאי שבדרום הרצועה. המבצע כלל שימוש בחימוש מדויק, תצפיות מהאוויר וסיוע מודיעיני. בצה"ל מדגישים כי היעד הותקף לאחר ווידוא שאין נוכחות של חטופים במקום.
בהודעה משותפת של דובר צה"ל ודוברות שב"כ נמסר כי ארגון חמאס ממשיך לנצל את בתי החולים בעזה לצרכים צבאיים, תוך סיכון מכוון של אזרחים תמימים. עוד צוין כי ננקטו אמצעים להימנע ככל האפשר מפגיעה באוכלוסייה האזרחית.
לפי דיווחים ברצועת עזה נכון לשעה זו, עשרה בני אדם נהרגו בתקיפה וישנם עשרות פצועים. בנוסף, מקורות ערביים מדווחים כי ייתכן ודובר הזרוע הצבאית של חמאס, אבו עוביידה, היה אף הוא במקום ונהרג בתקיפה – אך בצה"ל טרם אישרו או התייחסו לדיווחים אלו.