תא”ל אורן סולומון מתאר בראיון ליצחק זאגא תהליך שבמסגרתו מוסד היועץ המשפטי לממשלה ריכז בידיו סמכויות מקצועיות רחבות מול כלל הייעוץ המשפטי בממשלה, וגם מול מערכת הביטחון. לדבריו, מהלך זה יצר פגיעה ממשית בעיקרון יסוד בצבא: אחדות הפיקוד, הקובע שלכל גורם מקצועי חייב להיות מפקד אחד המנחה אותו בזמן אמת. סולומון טוען כי הכפפת הפצ”רית ליועצת המשפטית לממשלה שברה את קו הפיקוד הברור, ויצרה מצב שבו גורמים מבצעיים מוצאים עצמם כפופים לסמכות משפטית חיצונית למערכת הצבאית. לטענתו, זוהי סטייה חמורה מהמבנה הנדרש לניהול צבאי תקין, בעלת השלכות ביטחוניות ומשפטיות כבדות משקל, ויש להכפיף את משרד הפצ”ר לרמטכ”ל בלבד.