משפט האלפים החל ביום שני עם עדותו של עומר יוחנן, אחד החוקרים הזוטרים בתיק 4000, שהיה ממונה על תחילת חקירתו של איתן צפריר, נציג ראש הממשלה במשרד התקשורת.
עומר יוחנן קיבל תזכורות מאילן ישועה, ולפי עדותו בדק את אתר וואלה ואת אופן הסיקור של ראש הממשלה, בנימין נתניהו. תפקידו מזכיר את מלאכתם של פרוייקט 315, שעברו על כל 315 הסעיפים שהופיעו בכתב האישום כ"הענות חריגה" לטובת נתניהו, והראו שהמציאות הפוכה מהכתוב בכתב האישום.
בשונה מפרויקט 315 שבדקו "הענות חריגה", לאחר ששונה סעיף האישום, החוקר עומר יוחנן בדק "סיקור אוהד" לנתניהו באתר וואלה.

התביעה ניסתה להציג את איתן צפריר כלא אמין, כמי שמשנה גרסאות, אולם בחקירה הנגדית הביאו את פרוטוקול החקירה, ושם הראו שהחוקרים לא רצו לשמוע את האמת שעליה חזר העד והתעקשו לקבל ממנו גרסה שקרית, שאותה קיבלו מאבי ברגר, מנכ"ל משרד התקשורת.

העד התקשה להשיב לשאלה מה היה החשד כנגד איתן צפריר: "החקירה היתה מאוד סבוכה וקשה, לא היו דברים ברורים". כשנשאל מדוע לא עימתו עם אבי ברגר את התשובות של ארבעה עדים אחרים שדיווחו שצפריר מודר במשרד בהוראת ברגר, ושכל הארבעה תיארו אותו כ"עציץ" במשרד, הוא ענה "אני חוקר את מי שאמרו לי לחקור". העד חזר על כך שצפריר הוזמן לעדות ולא לחקירה, אולם מהפרוטוקול עולה שהוא נחקר בצורה אגרסיבית, בחקירה קשה ובלחצים שכללו איומים ואף הדלפות שקריות שהוא הולך להיות "עד מדינה". החוקרים האמינו לברגר מבלי לעמת אותו עם עדויות אחרות, כאילו צפריר היה ידו הארוכה של נתניהו, והתביעה אף כתבה כך בכתב האישום, למרות שידעה שעדים אחרים העידו שלא כך היה.

אילו לתביעה היתה הוכחה שצפריר העביר הוראות והנחיות מנתניהו, הם היו מביאים עדויות לכך. אולם את איתן צפריר עצמו, התביעה לא העלתה לעדות, למרות שהוא נמצא ברשימת העדים שלה, והיא אף לא הביאה חוקר בכיר שיעיד על צפריר, אלא חוקר זוטר, שכששואלים אותו שאלות קשות הוא יכול לומר: "זה לא היה באחריותי", "תשאלי את החוקר הבכיר", "לא יודע" ו"לא זוכר". אותן תשובות כפי שהופיעו אצל חוקרים אחרים במהלך המשפט.

הסניגוריה מחתה היום לא פעם, שהתביעה לא מקיימת הסכמים שאליהם הגיעו יחדיו עם הסניגוריה והשופטים, ושסדר הדין הפלילי לא מקויים.

בהמשך היום נמשכה עדותו של ינון מגל. הסניגוריה הציגה הודעות טקסט בין אילן ישועה ליצחק בוז'י הרצוג (כיום נשיא המדינה ואז ראש אופוזיציה) שבהן אילן ישועה מדבר על תמיכה בהרצוג. ינון מגל מספר שבזמן אמת לא ידע על כך. לפני בחירות 2015 וואלה מזמינה סקר שמיטיב עם בנימין נתניהו ולא עם הרצוג. לבקשת הרצוג, אילן ישועה מורה לינון מגל "לקבור" את הסקר. בכך הוא פוגע בחובתו העיתונאית. ינון מגל אמר היום: "מה שאחרים קיבלו בלי להתאמץ, נתניהו גם לאחר מאמץ לא קיבל".
ועוד אמר ינון מגל בעדותו: "מה שנחשף פה שרואים שזה קורה באופן קבוע. מיקי רוזנטל אמר שכך היה בידיעות אחרונות עם רבין באוסלו, וכך זה בערוצי תקשורת בשמאל. אבל כשזה קורה בערוץ ימני – אז מדובר בשופרות. יש כאלה שמותר להם ויש כאלה שאסור להם".
בחקירה החוזרת שוב התביעה לא נוהגת לפי סדר הדין הפלילי ושואלת על דברים שלא נשאלו בחקירה הראשית. למרות זאת, השופטת מאשרת לה להמשיך. יש לומר שהתביעה מקבלת לאורך כל המשפט הקלות מצד השופטים. אולי כדי שלא תהיה סיבה לערעור?
התובעת תירוש מעמתת את ינון מגל בכמה דברים שאמר בחקירה הנגדית למשל שאל שמעון פרס לא היו מתייחסים כמו אל נתניהו, ומציגה דברי ביקורת באתר וואלה נגד פרס. מגל משיב שזאת משום עצם נוכחותו בוואלה, ושאת פרס היו מבקרים במידה פחותה מאשר את נתניהו, אם בכלל.
בשאלתה האחרונה, תירוש הביכה את ינון מגל בשאלה שעליה הגיב: "לא זכרתי", והתיימרה לפקפק באמינותו בשל כך, כשרק היום אחד החוקרים מטעם התביעה השיב: "לא זוכר" ולא רק פעם אחת. השופטים אמרו שיתנו את תשובתם מחר בבוקר.
*תודה לאלי ציפורי, אבי וייס, כנרת בראשי ועו"ד עידו שיפוני.