בשלב מסוים השלטונות הרוסיים דרשו שילמדו בישיבה בוולוז'ין
רוסית ולימודי חול, וכן שלרבנים בה יהיו תעודות מהאקדמיה.
הנצי"ב מוולוז'ין לא הסכים לכך והישיבה נסגרה.
הרב אבינר מוקיר במיוחד את פירוש הנצי"ב על התורה ואומר
: "הוא פירוש מופלא שמוכיח כי
התורה שבעל פה היא התורה שבכתב
– מה שהיווה תשובה לרפורמים ולקונסרבטיבים שטענו אחרת".
לנצי"ב הייתה ביקורת חריפה על
חובבי ציון והוא לא הסכים שתכנס ציונות לישיבה,
אך יחד עם זאת, בניגוד לאחרים –
הוא לא פסל את התנועה הציונית ואת הקונגרס בבאזל.
כיצד הושפע ממנו הראי"ה קוק – שהיה מתלמידיו?
